交通工程系成立于2013年，系建院之初首批设立的系部。该系现设有汽车检测与维修技术专业、新能源汽车技术专业、汽车营销与服务三个专业。实训条件一流，实训设备先进。拥有占地5000平方米，包含“汽车结构认知、汽车拆装、汽车美容与保养等”理实一体化实训场所。是汽车检测与维修、智能新能源汽车、智能网联汽车检测与运维、商用车销售服务四个国家首批1+X证书试点基地。在人才培养方面，实行毕业证书和专业技能证书的“双证书”制度，目标是培养汽修、美容、营销、售后等高技能、应用型汽车类专门人才。
交通工程系现有专职教师30名，外聘专家10名。其中硕士及以上学历教师16名，双师型教师18名。山东省教育系统优秀共产党员1名，菏泽青年岗位能手1人，省首席技师1人。教学上，该系重视教师业务水平的培养，积极推进教师企业项岗制度、国家高职骨干教师培训计划，完善“双师型”教师队伍。
2019年12月，交通工程系率先成功地举办了1+X证书全国首批试点考试，开启汽车专业技术技能人才培养新模式，使我院的汽车专业1+X证书工作走进了全国高校的第一梯队。
科研方面，交通工程系教师发表学术论文20余篇；出版著作6部；发明专利3项；国家级课题结题1项；省部级课题结题8项，在研课题5项；省级教科研成果三等奖2项，市级科研成果三等奖3项。2019年11月，“新能源汽车教学综合管理平台的应用”课题经教育部科技发展中心审批成功立项，批准资助经费25万元。这标志着交通工程系科研工作又上了一个新的台阶。
